کار با نرم‌افزار کاریوتایپ آمیتیس
اجزای نرم‌افزار کاریوتایپینگ آمیتیس
نرم‌افزار کاریوتایپینگ آمیتیس، از ۵ بخش اصلی تشکیل شده است:
-
-
- قسمت home و registeration: این قسمت صفحه‌ی ابتدائی نرم‌افزار است که در آن اطلاعات بیمار و متخصص، نتیجه‌ی آزمایش، اطلاعات بیماران و تست‌های گذشته، جستجو در اطلاعات گذشته و دسترسی به سایر قسمتهای نرم‌افزار، امکان‌پذیر است. در این صفحه بررسی‌های انجام شده روی بیماران در یک ساختار سازمان‌یافته و مناسب دیده می‌شود که کار بررسی مجدد را بسیار راحت می‌کند. لازم به ذکر است که تعداد متافازهایی که برای هر بیمار مورد بررسی قرار می‌گیرد محدودیتی ندارد و همه‌ی آن‌ها در پایگاه داده به شکل مناسب ذخیره می‌گردند.
- قسمت camera و تصویربرداری: در این قسمت نرم‌افزار به دوربین مورد استفاده متصل شده و تصاویر مناسبی از متافاز‌های مورد نظر ایجاد می‌کند.
- قسمت Enhancement و پردازش تصاویر: تصاویر ایجاد شده در قسمت camera در این قسمت اصلاح شده و با روش‌های پردازش تصویر کیفیتشان بهبود میابد. همچنین در این بخش قسمت‌هایی از تصویر که دارای یک شیء از قبیل کروموزوم، سلول و … هستند از صفحه‌ی پس زمینه به صورت خودکار جدا می گردند. تنظیمات انجام شده در این قسمت را می‌توان ذخیره نمود و برای نمونه‌های بعدی نیز مورد استفاده قرار داد.
- قسمت Karyotype: در این قسمت تصاویر خروجی قسمت Enhancement برای انجام طبقه بندی مورد استفاده قرار می‌گیرند. این قسمت از ۴ بخش اصلی تشکیل شده است که عبارتند از:
-
- قسمت اول: در این قسمت ابزارهای قابل استفاده برای ایجاد تغییر در متافاز مشاهده می‌شوند که قابلیت انجام کارهایی از قبیل سلکت، برش، جداسازی کروموزوم‌های روی هم افتاده به صورت دستی و خودکار، گسترش مرزهای کروموزوم، پاک کردن قسمتهای اضافه، طبقه‌بندی خودکار و امکان انجام Undo و Redo را دارند.
- قسمت اول: در این قسمت ابزارهای قابل استفاده برای ایجاد تغییر در متافاز مشاهده می‌شوند که قابلیت انجام کارهایی از قبیل سلکت، برش، جداسازی کروموزوم‌های روی هم افتاده به صورت دستی و خودکار، گسترش مرزهای کروموزوم، پاک کردن قسمتهای اضافه، طبقه‌بندی خودکار و امکان انجام Undo و Redo را دارند.
-
- قسمت دوم: در این قسمت خروجی قسمت Enhancement مشاهده می‌شود و اشیاء شناسایی شده در آن قسمت با استفاده از ابزارهای موجود در نوار ابزار به نحوی تغییر داده می‌شوند که فقط شامل کروموزوم‌ها باشند و باقی اشیاء و اجسام حذف شوند. برای سهولت در بررسی و اعمال تغییرات مد نظر کاربر امکان نمایش تمام صفحه‌ی این قسمت در نرم‌افزار ایجاد شده است.
- قسمت دوم: در این قسمت خروجی قسمت Enhancement مشاهده می‌شود و اشیاء شناسایی شده در آن قسمت با استفاده از ابزارهای موجود در نوار ابزار به نحوی تغییر داده می‌شوند که فقط شامل کروموزوم‌ها باشند و باقی اشیاء و اجسام حذف شوند. برای سهولت در بررسی و اعمال تغییرات مد نظر کاربر امکان نمایش تمام صفحه‌ی این قسمت در نرم‌افزار ایجاد شده است.
-
- قسمت سوم: در این قسمت که در گوشه‌ی پایین و سمت راست تصویر قرار دارد اشیاء شناسایی شده در صفحه‌ی متافاز به ترتیب اندازه نمایش داده می‌شوند. و می‌توان بخش‌هایی که به اشتباه به عنوان کروموزوم تشخیص داده شده‌اند را با استفاده از دکمه‌ی delete حذف نمود.
- قسمت سوم: در این قسمت که در گوشه‌ی پایین و سمت راست تصویر قرار دارد اشیاء شناسایی شده در صفحه‌ی متافاز به ترتیب اندازه نمایش داده می‌شوند. و می‌توان بخش‌هایی که به اشتباه به عنوان کروموزوم تشخیص داده شده‌اند را با استفاده از دکمه‌ی delete حذف نمود.
- قسمت چهارم: در این صفحه که به صورت پیشفرض بالای صفحه‌ی اشیاء و سمت راست صفحه‌ی متافاز قرار دارد برای هر کروموزوم محلی تعیین شده است که می‌توان کرموزوم‌های مربوطه را در آن قسمت قرار داد.
کروموزوم‌ها از طریق کشیدن و رها کردن از صفحه‌ی متافاز و صفحه‌ی اشیاء و نیز با استفاده از ابزار طبقه‌بندی خودکار (موجود در نوار ابزار) می‌توانند وارد این قسمت شوند. ابزارهای برش و پاک کردن قسمتهای اضافه از نوار ابزار علاوه بر صفحه‌ی متافاز در این قسمت نیز می‌توانند مورد استفاده قرار گیرند. همچین امکان جابه‌جایی این صفحه با صفحه‌ی متافاز و نمایش تمام صفحه برای این قسمت فراهم هستند.علاوه بر قسمتهای ذکر شده تعداد کل کروموزوم‌ها، کروموزوم‌های طبقه‌بندی شده، کروموزوم‌های جنسی و کروموزوم‌های اضافه از دیگر مواردی هستند که می‌توان آن‌ها را در قسمت کاریوتایپ مشاده نمود.
-
- قسمت گزارش‌دهی: در این قسمت نتیجه‌ی آزمایش، نظر کارشناس و سایر اطلاعات آزمایش به همراه تصویر کاریوتایپ و تصویر متافاز (اختیاری) به صورت pdf و در غالب یک گزارش مطابق سفارش استفاده کننده تبدیل به خروجی می‌شود.
- قسمت home و registeration: این قسمت صفحه‌ی ابتدائی نرم‌افزار است که در آن اطلاعات بیمار و متخصص، نتیجه‌ی آزمایش، اطلاعات بیماران و تست‌های گذشته، جستجو در اطلاعات گذشته و دسترسی به سایر قسمتهای نرم‌افزار، امکان‌پذیر است. در این صفحه بررسی‌های انجام شده روی بیماران در یک ساختار سازمان‌یافته و مناسب دیده می‌شود که کار بررسی مجدد را بسیار راحت می‌کند. لازم به ذکر است که تعداد متافازهایی که برای هر بیمار مورد بررسی قرار می‌گیرد محدودیتی ندارد و همه‌ی آن‌ها در پایگاه داده به شکل مناسب ذخیره می‌گردند.
-